Les animaux de compagnie les plus communément admis sont les chiens, les chats mais nous accueillons également les espèces nouvellement médicalisées ou NAC (Nouveaux Animaux de Compagnie : lapins, furets, reptiles...
La clinique équine prend en charge les chevaux de sport, de loisir et de courses ainsi que les poneys et les ânes. Elle peut également accueillir les petits ruminants et autres camélidés domestiques.
Le secteur hospitalisation des animaux d'élevage accueille des bovins, caprins, ovins.
Le CHUV d'Oniris prend en charge des animaux de la faune sauvage locale et non captive.
